16. helmikuuta 2016 Yhdysvaltain liittovaltion tuomari määräsi Applen auttamaan FBI:tä murtautumaan iPhoneen, jonka omistaa Syed Farook, yksi ampujaista. Joulukuun 2015 hyökkäykset San Bernardinossa.

FBI pyysi Applea luomaan iOS-version, joka sekä poistaisi pääsykoodin suojausominaisuudet että sallisi pääsykoodien syöttämisen sähköisesti, jolloin se voi sitten raa'asti pakottaa pääsykoodin laitteeseen.

Apple ilmoitti vastustavansa määräystä Tim Cookin avoimessa kirjeessä, joka sanoi, että FBI:n pyyntö muodostaisi 'vaarallisen ennakkotapauksen', jolla on vakavia seurauksia älypuhelinten salauksen tulevaisuudelle. Apple sanoi, että FBI:n pyytämä ohjelmisto voisi toimia 'pääavaimena', jota voidaan käyttää tietojen saamiseen mistä tahansa iPhonesta tai iPadista - mukaan lukien sen uusimmat laitteet -, kun taas FBI väitti haluavansa pääsyn vain yhteen iPhoneen.

Applen kiista FBI:n kanssa päättyi 28. maaliskuuta 2016, kun hallitus löysi vaihtoehtoisen tavan päästä käsiksi iPhonen tietoihin israelilaisen Cellebriten avulla ja peruutti kanteen.